Prof. Dr. Elif DEMİRKAN

Telefon : 0 224 2941794
Fax  : 0 224 2941899
E-posta : edemirkan uludag.edu.tr

 




EĞİTİM
DURUMU


Lisans:
Hacettepe Üniversitesi, Fen Fakültesi, Bölümü, Ankara,1986.

Yüksek Lisans: Hacettepe Üniversitesi,Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalı (Moleküler Biyoloji), Ankara,1988.

Yüksek Lisans Tezi:
Bacillus subtilis alfa-amilazı Üretiminin Değişik Ortamlarda  incelenmesi.

Doktora: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim  Dalı, Ankara,1995.

Doktora Tezi: Alfa-amilaz Üreten Bazı Bacillus Suşlarının Gelişme Parametreleri, Enzim Özellik ve Üretim Koşullarının Optimizasyonu. (A.Ü Ziraat Fakültesi Gıda Müh. Bölümü, Mikrobiyoloji Anabilim dalında yapılmıştır).

Yard.Doç.Dr.: Çanakkale 18 Mart Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 2003.

Doçent Dr. Ünvanı: Ankara Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Ankara 2003.

Doç.Dr.: Uludağ Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji  Bölümü, 2007.

ÇALIŞMA ALANI: Mikroorganizmalardan  Enzim Üretimi, Enzim Saflaştırılması ve Karakterizasyonu, Rekombinant DNA Teknolojisi, Proteinlerin Kristallizasyonu (Moleküler Biyoloji, Biyoteknoloji, Biyokimya, Mikrobiyoloji).

MAKALELER

Sarıkaya E., Çırakoğlu Ç. (1990). Bacillus subtilis Kültürüne Mikrotaşıyıcıların Uygulanması. Mikrobiyoloji Bulteni, 24 (2):140-143.

Sarikaya E., Cırakoglu C. (1989). Investigation of Alpha-Amylase Production from Bacillus subtilis in Different Media. Commun. Fac. Sci. Univ. Ank Series C, 7: 31-37.

Yiğit N., Özlük A., Sarıkaya E. (1990). Morfin Sülfatın Fare Derisi ve Mezenterindeki Mast Hücreleri Üzerine Etkisi. H.Ü Tıp Fak. Fizyoloji Bülteni, 2 (3): 115-121.

Doğan HB., Sarıkaya E., Halkman AK. (1996). Enterobacter İdentifikasyonunda Birleştirilmiş Testler Üzerine Bir Araştırma. Gıda, 21(6):431-434.

Sarıkaya E. (1998). Proteinlerin X-Işını Kristallografisi. Turkish Journal of Biochemistry-Türk Biyokimya Dergisi, 23(4): 33-36. Derleme

Sarıkaya E., Mikami B. (1998). Trichoderma viride’den Sellulaz II-B formunun X-Işını Kırınım Analizi için Kristallizasyon Çalışmaları. Turkish Journal of Biochemistry-Türk Biyokimya Dergisi, 23(3), 3-5.

Sarıkaya E., Gürgün V. (1998). Karbon/Azot’ca Zengin Ortamlarda Bacillus α-Amilaz Üretimi ve Amilaz ile Proteaz Üretimi Arasındaki İlişkinin Araştırılması. KÜKEM Dergisi, 21(3): 49-54.

Sarıkaya E. (1999). Mutajenik Ajanların Kullanımı ile Bazı Bacillus Suşlarından α-Amilaz Üretimi Arttırılmış Mutantların Elde Edilmesi. Biyoteknoloji (KUKEM), 22(2):27-34.

Mikami B., Adachi M., Kage T., Sarikaya E., Nanmori T., Shinke R., Utsumi S. (1999). Structure of Raw Starch-Digesting Bacillus cereus β-Amylase Complexed with Maltose. Biochemistry, 38 (22): 7050-7061.

Sarıkaya E. (2000). Determination of Starch Hydrolysis Splits by Bacillus α-Amylase Enzyme Depend on Time. Biyoteknoloji, 24(2):15-19.

Sarikaya E., Gurgun V. (2000). Increase of the α-Amylase Yield by Some Bacillus Strains. Turkish Journal of Biology, 24: 299-308. (Doktora Tezi).

Mikami B., Adachi M., Kage T., Sarikaya E., Nanmori T., Shinke R., Utsumi S. (1999). Structure of Raw Starch-Digesting Bacillus cereus β-Amylase Complexed with Maltose. Biochemistry, 38 (22): 7050-7061.

Sarikaya E., Mikami B. (2001). Purification and Crystallization of α-Amylases from Mucoid and non-Mucoid B.amyloliquefaciens Strains. Journal of Crystal Growth, 232: 418-420.

Cihangir N., Sarikaya E. (2004). Investigation of Lipase production by a New Isolate of Aspergillus sp. World Journal of Microbiology and Biotechnology, 20:193-197.

Lim K., Sarikaya E., Galkin A., Krajewski W., Pullalarevu S., Shin JH., Kelman Z., Howard A., Herzberg O. (2004). Novel Structure and Nucleotide Binding Properties of HI1480 from Haemophilus influenza: A protein with no known sequence homologues. PROTEINS: Structure Function, and Bioinformatics, 56: 564-571.

Galkin A., Kulakova L., Sarikaya E., Lim K., Howard A., Herzberg O. (2004). Structural Insight Arginine Degradation by Arginine Deliminase, an Antibacterial and Parasite Drug Target. The Journal of Biological Chemistry, 279(14): 14001-14008.

Galkin A., Sarikaya E., Lehmann C., Howard A., Herzberg O. (2004). X-Ray Structure of HI0817 from Haemophilus influenza: Protein of unknown with a novel fold. PROTEINS: Structure Function, and Bioinformatics, 57: 874-877.

Telpakov A., Obmolova G., Sarikaya E., Pullalarevu S., Krajewski W. Galkin A., Howard A., Herzberg O., Gilliland GL. (2004). Crystal Structure of the Ygfz protein from E.coli suggests a folate-dependt regulatory role in one-carbon metabolism. Journal of Bacteriology, 186(21):7134-7140.

Aslim B., Yuksekdag Z N., Sarikaya E., Beyatli Y. (2005). Determination of the bacteriocin-like substance produced by some lactic acid bacteria originated from Turkish dairy products. LWT-Food Science and Technology, 38:691-694.

Lim K., Doseeva V., Demirkan Sarikaya E., Pullalarevu S., Krajewski W., Galkin A., Howard A.,Herzberg O. (2005). Crystal Structure of the Ygfy from Escherichia coli,A protein that may be Involved in Transcriptional Regulation. PROTEINS: Structure Function, and Bioinformatics, 58:759-763.

Demirkan Sarikaya E., Mikami B., Adachi M., Higasa T., Utsumi S. (2005). Amylase from B.amyloliquefaciens: purifications, characterization, raw starch degradation and expression in E.coli. Process Biochemistry, 40:2629-2636.

Ban M., Yoon HJ., Demirkan E., Utsumi S., Mikami B., Yagi F. (2005). Structural Basis of a Fungal Galectin from Agrocybe cylindracea for Recognizing Sialoconjugate. Journal of Molecular Biology, 351: 695-706.

Mikami B, Iwamoto H, Malle D, Yoon HJ, Demirkan-Sarikaya E, Mezaki Y, Katsuya Y. (2006). Crystal structure of pullulanase: Evidence for parallel binding of oligosaccharides in the active site. Journal of Molecular Biology, 359 (3): 690-707.

Ramprakash J., Doseva V., Galkin A., Krajewski W., Muthukumar L., Pullalarevu S., Demirkan E., Herzberg O., Moult J., Schwarz FP. (2008). Comparison of the chemical and thermal denaturation of proteins by a two-state transition model. Analytical Biochemistry, 374 (1): 221-30.

Demirkan E. (2009). Bacillus subtilis α-amilaz Enziminin Nişasta Granüllerine Etkisinin Taramalı Elektron Mikroskobu ile İncelenmesi. U. Ü. Ziraat Fakültesi Dergisi, 23: 13-19.

Dincbas S., Demirkan E. (2010). Comparison of Hydrolysis Abilities onto Soluble and Commercial Raw Starches of Immobilized and Free B. amyloliquefaciens α-amylase. U.U. Journal of Biological and Environmental Sciences, 4(11): 87-95.

Sevinc N., Demirkan E. (2011). Production of Protease by Bacillus sp. N-40 Isolated from Soil and Its Enzymatic Properties. U.U. Journal of Biological and Environmental Sciences, 5(14): 95-103.

Demirkan E. (2011). Production, Purification and Characterization of α-amylase by Bacillus subtilis and its Mutant Derivate. Turkish Journal of Biology. 35: 705-712.

Demirkan E., Dincbas S., Sevinc N., Ertan F. (2011). Immobilization of B. amyloliquefaciens α-amylase and comparison of some of its enzymatic properties with the free form. Romanian Biotechnological Letters, 16(6), 6690- 6701.

Usta A., Demirkan E. (2013). The Effect of Growth Parameters on the Antibıotic Activity and Sporulation in Bacillus spp. Isolated from Soil. Journal of Microbiology, Biotechnology and Food Sciences. 2 (5) 2310-2313

 Demirkan E. Baygın E, Usta A. 2014. Screening of phytate hydrolysis Bacillus sp. isolated from soil and optimization of the certain nutritional and physical parameters on the production of phytase. Turkish Journal of Biochemistry–Turk J Biochem. 39 (2) ; 206–214.

Aybey A., Usta A., Demirkan E.2014. Effects of Psychotropic Drugs as Bacterial Efflux Pump Inhibitors on Quorum Sensing Regulated Behaviors. J Microbiol Biotech Food Sci., 4 (2) 128-131

KONGRE ETKİNLİKLERİ

Sarıkaya E., Gürgün V. (1996). Bakteriyel α-amilaz Enzimi Separasyonunda Sıvı ikili-Faz Sisteminin Kullanılma Olanakları. XIII. Ulusal Biyoloji Kongresi. Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Moleküler Biyoloji ve Genetik Seksiyonu. Cilt:II. Sayfa: 197-207, İstanbul.

Sarıkaya E. (1999). Bacillus subtilis α-Amilaz Enziminin Hidrofobik ve iyon Değişim Kromatografisi Yoluyla Saflaştırılması ve Karakterize Edilmesi. I. Ulusal Kromatografi Kongresi, Kırıkkale.

Sarıkaya, E., Gürgün, V. (1999). Bazı Stres Faktörlerin Bacillus α-Amilaz Enziminin Hücreden Salınması Üzerine Etkileri. KÜKEM-Biyoteknoloji Kongresi, Isparta.

Özkaya MT., Sarıkaya E. (1999). Zeytin Çeliklerinde Adventif Kök Oluşumu süresince Amilaz Değişimi. KÜKEM- Biyoteknoloji Kongresi, Isparta.

Sarıkaya E. (1999). İnce Tabaka Kromatografisi ile α-Amilaz Tarafından Nişasta Hidroliz Ürünlerinin Zamana Bağlı Olarak Tespiti ve Farklı Sıcaklıklardaki Depolanma Seyri. 2000’li Yıllarda Gıda Bilimi ve Teknolojisi Kongresi, İzmir.

Sarıkaya E. (2000). Klebsiella pneumoniae’den Pullulanaz Enziminin Kristallizasyon Çalışmaları. XV. Ulusal Biyoloji Kongresi (Uluslararası Katılımlı, Ankara.

Sarıkaya E., Mikami, B. (2000). B. subtilis α-Amilaz Enziminin aktif Alanının Tespiti. XV. Ulusal Biyoloji Kongresi (Uluslararası Katılımlı), Ankara.

Sarikaya E., Mikami B. (2000). Purification and Crystallization of alpha-amylases from Mucoid and non-Mucoid B. amyloliquefaciens Strains. 8th International Conference on the Crystallization of Biological Macromolecules, Florida, USA.

Mikami B., Yoshigi N., Yoon HJ., Adachi M., Sarikaya E., Sekine A., Utsumi S. (2000). Structural comparison of soybean, barley, and Bacillus cereus -amylases. Pacifichem 2000, International Chemical Congress of Pacific Basin Societies, Honolulu, Hawaii.

Yoon HJ, Adachi M, Hirata A., Kage T., Sarikaya E., Utsumi S., Mikami B. (2000). X-ray crystallographic analysis of Bacillus cereus -amylase and its C-terminal starch binding domain. Pacifichem 2000, International Chemical Congress of Pacific Basin Societies, Honolulu, Hawaii.

Mikami B., Yoon HJ., Sarikaya E., Iwamoto H., Mezaki Y., Katsuya Y. (2001). The Crystal Structure of Klebsiella pneumoniae pullulanase in Complex with Product Maltooligosaccharides. American Crystalographic Association (ACA) 2001 Annual Meeting, Los Angeles, California, USA.

Sarıkaya E. Yılmaz S., Özcan B. (2001). Asit ile Muamele Edilmiş Ham Mısır Nişastasının α-Amilaz Enzimi Tarafından Parçalanma Yeteneğinin Araştırılması. XII. Biyoteknoloji Kongresi, Balıkesir.

Mikami B., Adachi M., Sekine A., Yoon HJ., Sarikaya E., Hirata A., Utsumi S., Katsuya Y., Iwamoto H. X-ray Crystallography and Protein Engineering of Amylases. Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agrochemistry (JSBA) 2001, 2001, Kyoto, Japan.

Iwamoto H., Yoon HJ, Sarikaya E., Katsuya Y., Mezaki Y., Mikami B. Active Site Structure of Klebsiella Pullulanase. Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agrochemistry (JSBA) 2001, 2001, Kyoto, Japan.

Mizuho B., Yoon HJ., Sarikaya E., Fumio Y., Mikami B. X-Ray Crystal Analysis of a Fungal Galectin, Agrocybe Clindracea Lectin. Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agrochemistry (JSBA) 2002, 2002, Sendai, Japan.

Mikami B., Malle D., Yoon HJ., Demirkan-Sarikaya E., Iwamoto H., Katuya Y., Murata K., Utsumi S. (2006). X-ray crystallographic analysis of type I pullulanases from Klebsiella pneumoniae and Bacillus subtilis. 23rd European Crystallographic Meeting, ECM23, Belçika.

Mikami B., Iwamoto H., Malle D., Yoon HJ., Demirkan-Sarikaya E., Takeshi M. X-ray crystallographic analysis of the Klebsiella pullulanase. Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agrochemistry (JSBA) 2006, 2006, Kyoto, Japan.

Demirkan E., Dinçbaş S., Sevinç N. (2009). Bacillus subtilis α-Amilaz Enziminin Ca-Alginat Kapsüllerinde İmmobilizasyonu. 23. Ulusal Kimya Kongresi, Sivas.

Usta A., Demirkan E. Türkiye Topraklarından Antibiyotik Potent Bacillus sp.’ lerin Taranması ve Antibiyotik Üretimi Üzerine Glukoz Konsantrasyonunun Etkisi.21.Ulusal Biyoloji Kongresi(Uluslararsı katılımlı), 2012, İzmir.

Eren Baygın, Dilara Akçakoca, Behice Zeren, Elif Demirkan. Türkiye Topraklarından Fitaz Üreten Bacillus sp.’lerin İzolasyonu Ve Besinsel Parametrelerin Fitaz Üretimi Üzerine Etkilerinin Araştırılması. 22.Ulusal Biyoloji Kongresi (Uluslararsı katılımlı), 2014, Eskişehir.

Eren Baygın, Alev Usta, Elif Demirkan. Fitaz Üreten Yeni İzolat Bacillus sp. EBD 9-1 ‘nin Kültür Şartlarının Optimizasyonu Ve Enzimin Depolanma Stabilitesi. 22.Ulusal Biyoloji Kongresi (Uluslararsı katılımlı), 2014, Eskişehir.

Aynur Aybey, Elif Demirkan, Selma Sinan. Disruption of Pseudomonas aeruginosa biofilms by human serum paraoxonase 1 (hPON1) 3. International Congress of Molecular Biology Association of Turkey, September 10-12, 2014, İzmir.

ARAŞTIRMA PROJELERİ

Gürgün V., Sarıkaya E. (1993-1995). α-amilaz Üreten Bazı Bacillus Suşlarının Gelişme Parametreleri, Enzim Özellik ve Üretim Koşullarının Optimizasyonu (Doktora Tezi). (Ankara Üniversitesi Araştırma Fonu 93-25-00-26 kod nolu proje)

Sarıkaya E. (1996-1997). Enterobacter identifikasyon şemasının Geliştirilmesi. TÜBİTAK. Hızlı Destek. Proje No: VHAG-1297/ ADP.

Halkman AK, Sarıkaya E., Doğan HB. (1996-1998). Enterobacter identifikasyon şemasının Geliştirilmesi. (Ankara Üniversitesi Araştırma Fonu 96-11-12-01 kodlu proje)

Gürgün V., Sarıkaya E. (1993-1999). Klasik Mutasyon Yöntemleri ile α-Amilaz Üretiminde Kullanılan Bazı Bacillus Suşlarından Verim Arttırma Olanaklarının Belirlenmesi. (Ankara Üniversitesi Araştırma Fonu 93-25-00-17 Kodlu Proje).

Cihangir N., Sarıkaya E. (2001-2003 ). Aspergillus sp.’den Lipaz Enzimi Üretimi, Saflaştırılması ve Karakterizasyonu. TÜBİTAK, MİSAG-168.

Demirkan E., Dinçbaş, S., Sevinç N. (2008-2010). Bacillus subtilis’ten üretilen α-amilazın kalsiyum alginat kapsüllerinde immobilizasyon koşullarının araştırılması. Uludağ Üniversitesi Bilimsel Araştırma Komisyonu. Proje no: F 2008/24. (Proje Yürütücüsü)

Uludağ Üniversitesi Rektörlüğü (2011-2014). Uludağ Üniversitesi Bilim ve Teknoloji Araştırma Merkezi Altyapısının Oluşturulması (Biyoteknoloji seksiyon sorumlusu), DPT projesi (Proje Yardımcısıc)

Demirkan E., Ersoy F., Baygın E.,Akçakoca D., Zeren B, Usta A. Türkiye topraklarından izole edilecek Bacillus sp.suşlarından fitaz üretimi, üretim koşullarının optimizasyonu, enzimin saflaştırılması, karakterizasyonu ve genin E.coli’de ifade edilmesi. Uludağ Üniversitesi BilimselAraştırma Komisyonu. Proje no:QUAP (F)2012/11,2012-2014. (Proje Yürütücüsü)

Demirkan E., Aybey A. Bir Antimikrobiyal Ajan Olarak Paraoksonaz1 (Laktonaz) EnzimininPatojen Bakterilerin Quorum Sensing (QS) İlişkili Davranışlarına Etkisinin İncelenmesi. Uludağ Üniversitesi Bilimsel Araştırma Komisyonu. Hızlı Destek Projesi. Proje no: HDP(F) - 2013/29. 2013-2014. (Proje Yürütücüsü)

Demirkan E, Y.Dilek Kut.Yünlü Kumasın Fiziksel özellikleri Uzerine Yeni Izolat Bacillus Sp. Susundan Elde Edilecek Proteaz ve Amilaz Enzimlerinin Etkisinin Arastırılması. TÜBİTAK. Hızlı Destek Programı. 113Z868 numaralı proje.2014-2015. (Proje Yürütücüsü)

Aykut Y. Demirkan E, Topaç H, Baygın E. Biyopolimer-nanoparçacık kompozit nanoliflerle enzim immobilizasyonu. Uludağ Üniversitesi Bilimsel Araştırma Komisyonu. OUAP(MH)-2014/9, 2014-2016 (Yardımcı Araştırmacı)

Aykut Y. Demirkan E, Tanik N.Core/sheat nanolif biyosensörler yüzeyinde farklı spesifik nükleük asit dizilerinin hibrizasyonunun elektrokimyasal olarak tespiti. Uludağ Üniversitesi Bilimsel Araştırma Komisyonu. OUAP(MH)-2014/23, 2014-2016 (Yardımcı Araştırmacı)

ÖDÜLLER

1996-1998 : TÜBİTAK Bilim Adamı Yetiştirme Grubu (BAYG-C) Doktora Sonrası Araştırma Bursu ve Japonya Kyoto University, The Research Institute For Food Science Araştırma bursu (20 ay)

2001-2003 : Amerika Birleşik Devletleri, University of Maryland, System National Institute of Standards and Technology, Center for Advanced Research in Biotechnology (CARB), Araştırma Asistanı olarak Yapısal Genom Projesinde çalışmak üzere davet edildi (CARB tarafından destekli, 2 yıl).

İDARİ GÖREVLER

Fakülte Yönetim Kurulu Üyeliği (2010- 2013)

Fakülte Kurulu Üyeliği (2013-2016)

Biyoloji Bölümü, Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı Başkanlığı (2011-2014)

Biyoloji Bölümü, Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı Başkanlığı (2014-2017)

 


Uludağ Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü
© Dr. Murat SEVİNÇ